1、按用途可分为：小体积样品全自动固相萃取仪和大体积样品全自动固相萃取仪
小体积样品指食品、药品、血液等样体，体积量一般在50ml以下；而大体样品主要指水样，一般是200ml量以上。市面上现有的全自动固相萃取仪也是通过样品量的体积不同而设计。
小体积全自动固相萃取仪主要代表有美Gilson公司的GX-27X ASPEC，美国Caliper （原 Zymark）公司的RapidTrace，国产的优兴科仪PE301等，原理基本相同，都是主要借助注射泵来回转移液体来实现的，优势在于有连续处理能力。大体积全自动固相萃取仪代表有美国DIONEX产品AutoTrace 280（样品处理量20mL-20L），Horizon公司的SPE-DEX 4790（样品处理量20mL-4L），以及GL Sciences公司的AQUA Trace ASPE799（样品处理量10mL-5L）。
另外，美国Gilson公司的GX-27X ASPEC系列和而MC的MULTI-SPE A208则同时兼容小体积和大体积样品处理的全自动固相萃取系统，同样可以处理50ml以下的小体积样品和200mL至数升以上的样品。
2、按原理分可分为柱萃取和膜萃取全自动固相萃取仪
膜萃取主要为大体积水样而设计的，膜萃取速度快是其优点，而且不容易堵塞，但是单个样品的处理成本较柱萃取高。膜萃取主要代表Horizon公司的SPE-DEX 4790。美国Gilson公司的GX-274 ASPE，日本GL Sciences公司的AQUA Trace ASPE799也都使用柱萃取。而美国DIONEX的AutoTrace 280 和MC的MULTI-SPE A208可以同时兼容柱式和盘式萃取，也可以进行双柱串联萃取。
3、按通道分可分为单通道和多通道固相萃取仪
其中Gilson公司的GX-271 ASPEC为单通道，GX-274 ASPEC为四通道；Caliper （原 Zymark）公司的RapidTrace的也是单通道，但可以拼成10个通道；日本GL Sciences公司的AQUA Trace ASPE799为六通道；美国DIONEX的AutoTrace 280也为六通道；MC的MULTI-SPE 为8通道；Horizon公司的SPE-DEX 4790为单通道，也可以拼成多通道。
通常通道数量越多，在处理大批量样品时，就可以节约更多的时间，特别是上样的时间。
